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新的DNA病毒和逆转录病毒数据库首次亮相

归档日期:06-06       文本归类:反病毒咨询      文章编辑:爱尚语录

  地球上,地上和周围的微生物多于银河系中的恒星。微生物影响食物生产; 空气质量; 植物,树木和生物量的自然分解; 农业土壤质量; 以及更多。为了研究这些微生物,科学家需要更多地了解微生物和病毒如何相互作用。病毒会影响微生物的工作能力。美国能源部(DOE)联合基因组研究所的科学家建立了最大的公共可用病毒数据库。这项单一工作将已知病毒基因的数量增加了16倍。此外,在核酸研究中发表的一系列四篇文章中美国能源部联合基因组研究所的研究人员报告了其他几个可公开访问的数据库和计算工具的最新更新。这些数据库和工具将使全球微生物研究人员受益。

  微生物在地球的生物地球化学循环中起着关键作用。被认为比微生物多 10倍的病毒可以改变这些周期。测序技术的进步产生了大量有关病毒的数据。使用数据需要工具来管理和解释它。更新的数据库分析工具提供有关微生物的详细信息,特别是微生物基因组学和病毒。一个可供公众使用的新数据库,可以帮助科学家回答有关感染微生物的病毒的问题,这种相互作用会影响无数的自然过程,并可能提供加速有益(或减缓有害)微生物行为的工具。从这项工作中获得的见解与能源部在生物能源和环境方面的使命有关。

  提供高质量,可公开访问的序列数据与开发和维护研究社区可以利用的数据库和工具以帮助回答科学问题密切相关。最近在核酸研究中发表的一系列文章中,美国能源部联合基因组研究所的研究人员描述了一个名为“携带病毒样本的综合微生物基因组”(IMG / VR)的数据库。IMG / VR是一个综合的计算平台,它将数据库中的所有序列与相关的元数据和分析工具集成在一起。

  IMG / VR紧随最近美国能源部联合基因组研究所的病毒多样性报告。自2014年发布的最新一组报告以来,同一期刊中的其他文章描述了对几个可公开访问的交互式数据库的更新。例如,截至2016年7月,IMG中有47,516个古菌,细菌和真核基因组与微生物组样本( IMG / M)系统,研究人员注意到该数字“代表自2013年9月以来增加超过300%”。IMG / M含有来自培养生物的古菌,细菌,真核和病毒基因组的注释DNA和RNA序列数据; 单细胞基因组(SCG)和来自未培养的古细菌,细菌和病毒的宏基因组的基因组; 和来自环境,宿主相关和工程微生物组样品的宏基因组。

  另一篇论文涉及Genomes在线数据库(GOLD),这是一个手动策划的数据管理系统,它使用来自世界各地的相关元数据对测序项目进行编目。在当前版本的GOLD(v.6)中,所有项目都是基于研究,生物体(用于分离物)或生物样品(用于环境样品),测序项目和分析项目形式的四级分类系统进行组织的。 。第四篇论文侧重于生物合成基因簇的IMG图谱(IMG-ABC)。IMG-ABC于2015年推出,使研究人员能够搜索生物合成基因簇和次级代谢产物。他们的最新更新现在采用了ClusterScout,这是一种用于在数千种分离微生物基因组中定向鉴定定制生物合成基因簇的工具,以及新的搜索功能。

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